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駱駝基因組學(xué)研究

作者：吳慧光
開本： 16開 頁數(shù)： 176
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駱駝基因組學(xué)研究 版權(quán)信息

駱駝基因組學(xué)研究 本書特色

阿拉善雙峰駝基因組學(xué)研究一書重點介紹了阿拉善雙峰駝飼養(yǎng)特點，從阿拉善雙峰駝基因組和宏基因組不同的研究方法角度，分析阿拉善雙峰駝*基因組和第二基因組的特點，為實現(xiàn)阿拉善雙峰駝遺傳資源的開發(fā)提供理論指導(dǎo)。

駱駝基因組學(xué)研究 內(nèi)容簡介

阿拉善雙峰駝基因組學(xué)研究一書重點介紹了阿拉善雙峰駝飼養(yǎng)特點，從阿拉善雙峰駝基因組和宏基因組不同的研究方法角度，分析阿拉善雙峰駝**基因組和第二基因組的特點，為實現(xiàn)阿拉善雙峰駝遺傳資源的開發(fā)提供理論指導(dǎo)。

駱駝基因組學(xué)研究 目錄

第1章引言

11研究背景和意義

12國內(nèi)外研究進(jìn)展

121駱駝科動物的進(jìn)化

122現(xiàn)存駱駝科動物的生物學(xué)特性

123生物信息學(xué)及其發(fā)展歷史

124基因組測序技術(shù)

13研究內(nèi)容

第2章駱駝科動物全基因組序列的測序與組裝

21材料與方法

211試驗材料

212DNA提取及檢測

213基因組測序

214測序數(shù)據(jù)過濾

215K-mer分析估計基因組大小

216小片段數(shù)據(jù)糾錯

217駱駝科動物基因組的組裝

218駱駝科動物基因組的測序效果評價

22 結(jié)果與分析

221DNA樣品檢測結(jié)果

222基因組測序結(jié)果

223測序數(shù)據(jù)過濾結(jié)果

224K-mer分析估計基因組大小的結(jié)果

225小片段數(shù)據(jù)糾錯的結(jié)果

2263個駱駝科動物基因組的組裝結(jié)果

2273個駱駝科動物基因組的組裝后基因組分析

23討論

231測序物種的選擇

232測序平臺與策略

233基因組大小的估計

234基因組的組裝指標(biāo)

24本章小結(jié)

第3章駱駝科動物的基因組注釋

31材料與方法

311試驗材料

312重復(fù)序列注釋

313基因預(yù)測

314功能注釋

315ncRNA注釋

316基因集評估

317直系同源關(guān)系分析

32結(jié)果與分析

321重復(fù)序列注釋統(tǒng)計結(jié)果

322基因預(yù)測統(tǒng)計結(jié)果

323功能注釋統(tǒng)計結(jié)果

324ncRNA注釋統(tǒng)計結(jié)果

325基因集評估統(tǒng)計結(jié)果

326直系同源關(guān)系分析結(jié)果

33討論

331駱駝科動物基因組重復(fù)序列的注釋

332駱駝科動物基因組基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測

333駱駝科動物基因組基因功能和非編碼RNA的注釋

34本章小結(jié)

第4章駱駝科動物基因組進(jìn)化分析

41材料與方法

411試驗材料

412共線性鑒定

413片段復(fù)制分析

414基因家族聚類分析

415物種進(jìn)化樹的構(gòu)建

416物種分歧時間的計算

417分支特異性Ka/Ks率計算

418SNP判讀和分布比較分析

419群體歷史重建

42結(jié)果與分析

421共線性鑒定結(jié)果

422片段復(fù)制分析結(jié)果

423基因家族聚類分析結(jié)果

424物種進(jìn)化樹的構(gòu)建結(jié)果

425物種分歧時間的計算結(jié)果

426分支特異性Ka/Ks率計算結(jié)果

427SNP判讀和分布比較分析結(jié)果

428群體歷史重建結(jié)果

43討論

431駱駝科動物基因組的共線性與片段復(fù)制

432駱駝科動物進(jìn)化關(guān)系和分歧時間推算

433駱駝科動物的選擇壓力

434駱駝科動物的群體歷史規(guī)模的變化

44本章小結(jié)

第5章駱駝沙漠適應(yīng)性的比較基因組學(xué)分析

51材料與方法

511試驗材料

512基因家族收縮擴張分析

513正選擇分析

514包含特異氨基酸變異的蛋白篩查

515基因獲得和缺失

516快速進(jìn)化

52結(jié)果與分析

521基因家族收縮擴張分析結(jié)果

522正選擇分析結(jié)果

523包含特異氨基酸變異的蛋白篩查結(jié)果

524基因獲得和缺失結(jié)果

525快速進(jìn)化基因結(jié)果

53討論

531駱駝能量代謝

532駱駝應(yīng)激能力

533駱駝對沙塵和日照的適應(yīng)性

534駱駝對缺水的適應(yīng)性

54本章小結(jié)

第6章雙峰駝腎臟的轉(zhuǎn)錄組分析

61材料與方法

611試驗材料及試驗處理

612RNA提取及檢測

613RNA樣品處理與測序

614轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)過濾

615基因表達(dá)水平計算

616差異表達(dá)基因篩選

617差異表達(dá)基因的GO功能顯著性富集分析

618差異表達(dá)基因的通路顯著性富集分析

62結(jié)果與分析

621RNA提取檢測結(jié)果

622轉(zhuǎn)錄組測序的堿基組成和堿基質(zhì)量分析結(jié)果

623雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基本分析結(jié)果

624雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)注釋結(jié)果

625雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基因差異表達(dá)分析結(jié)果

626雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因的GO分析結(jié)果

627雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因的通路富集分析結(jié)果

63討論

631駱駝腎臟鈉重吸收相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄特點

632駱駝腎臟水孔蛋白基因家族轉(zhuǎn)錄特點

633駱駝腎臟的高滲調(diào)節(jié)特點

634駱駝腎髓質(zhì)有機適應(yīng)性滲透物的調(diào)節(jié)

635駱駝腎髓質(zhì)的滲透調(diào)節(jié)與血糖

636駱駝腎髓質(zhì)的滲透保護

64本章小結(jié)

第7章全書總結(jié)

71全書結(jié)論

72研究創(chuàng)新點

73有待進(jìn)一步研究的內(nèi)容

731基因組組裝版本的更新

732基因組注釋工作的完善

733駱駝科動物進(jìn)化基因的研究

734駱駝腎臟生理的分子和細(xì)胞學(xué)研究

縮略詞表

附錄

參考文獻(xiàn)
展開全部

駱駝基因組學(xué)研究 作者簡介

吳慧光，男，1980年生，博士，現(xiàn)美國俄亥俄州立大學(xué)博士后，主要從事阿拉善雙峰駝基因組學(xué)研究。主持國家級項目1項，省級項目2項，校級項目2項，參加項目多項。發(fā)表論文多篇，其中第一作者發(fā)表《NatureCommunication》1篇。獲得市級獎勵2項，校級獎勵2項。

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